Ngày 13/9/1988, FPT được thành lập với tên gọi Công ty Cổ phần Chế biến Thực phẩm hoạt động trong lĩnh vực công nghệ sấy, công nghệ thông tin, công nghệ tự động hóa. (Chữ gốc FPT ban đầu có nghĩa là The Food Processing Technology Company - Công ty Cổ phần Chế biến Thực phẩm)

Ngày 27/10/1990 được đổi thành The Corporation for Financing Promoting Technology - Công ty Đầu tư và Phát triển Công nghệ với hoạt động kinh doanh cốt lõi là CNTT.[4]

Tháng 4 năm 2002 FPT trở thành công ty cổ phần.

Năm 1998 FPT trở thành 1 trong 4 nhà cung cấp dịch vụ Internet đầu tiên tại Việt Nam tạo bước phát triển đột phá cho lĩnh vực này tại Việt Nam.

Ngày 8 tháng 9 năm 2006, Chính phủ Việt Nam ký quyết định thành lập trường Đại học FPT trực thuộc Tập đoàn FPT. Hiệu trưởng của trường là Tiến sĩ Lê Trường Tùng, còn Chủ tịch Hội đồng Quản trị là Phó giáo sư, Tiến sĩ Trương Gia Bình.[5][6]

Ngày 24 tháng 10 năm 2006, FPT đã công bố quyết định phát hành thêm cổ phiếu cho hai nhà đầu tư chiến lược là Quỹ đầu tư Texas Pacific Group (TPG) và Intel Capital. FPT nhận được một khoản đầu tư là 36,5 triệu USD thông qua quỹ đầu tư TPG Ventures và Intel Capital.[7]

Ngày 18 tháng 11 năm 2006, Tập đoàn Microsoft và tập đoàn FPT ký thoả thuận liên minh chiến lược.[8]

Ngày 13 tháng 12 năm 2006, cổ phiếu FPT lên sàn chứng khoán Thành phố Hồ Chí Minh (HoSE).

Ngày 25 tháng 12 năm 2006, Chủ tịch HĐQT Công ty FPT đã ký quyết hợp nhất các Công ty TNHH Hệ thống Thông tin FPT (FIS), Công ty TNHH Giải pháp Phần mềm FPT (FSS) và Trung tâm dịch vụ ERP (FES) kể từ ngày 01/01/2007. Công ty hợp nhất có tên là Công ty Hệ thống Thông tin FPT.

Ngày 1 tháng 1 năm 2007, FPT thành lập Công ty TNHH Bán lẻ FPT với mô hình Công ty TNHH một thành viên.

Ngày 13 tháng 3 năm 2007, thành lập Công ty Cổ phần Quảng cáo FPT (FPT Promo JSC) và Công ty TNHH Phần mềm Châu Á Thái Bình Dương đặt tại Singapore (FAPAC).

Ngày 19 tháng 12 năm 2008, Tập đoàn FPT công bố được chấp thuận đổi tên từ "Công ty Cổ phần Phát triển và Đầu tư Công nghệ" thành "Công ty Cổ phần FPT" viết tắt là "FPT Corporation".[9]

Ngày 24 tháng 12 năm 2008, Tập đoàn FPT công bố quyết định bổ nhiệm Tổng Giám đốc mới là ông Nguyễn Thành Nam thay ông Trương Gia Bình. Ông Nam là thành viên sáng lập Tập đoàn FPT, Chủ tịch HĐQT của Công ty Phần mềm FPT (FSOFT).

Tháng 2 năm 2011, Hội đồng quản trị Tập đoàn FPT có nghị quyết bổ nhiệm ông Trương Đình Anh làm Tổng giám đốc thay thế cho ông Nguyễn Thành Nam.[10]

Ngày 31 tháng 7 năm 2013, Hội đồng Quản trị Tập đoàn FPT đã thông qua nghị quyết bổ nhiệm ông Bùi Quang Ngọc, Tiến sĩ về cơ sở dữ liệu, làm Tổng Giám đốc FPT thay thế ông Trương Gia Bình. Ông Ngọc là một trong các thành viên sáng lập và hiện là Phó Chủ tịch Hội đồng Quản trị FPT.

Năm 2014, FPT là công ty CNTT đầu tiên của Việt Nam mua lại 1 công ty CNTT nước ngoài, RWE IT Slovakia (đơn vị thành viên của Tập đoàn năng lượng hàng đầu châu Âu, RWE).[11]

Tháng 8 năm 2017, FPT chuyển nhượng 30% vốn tại Công ty Cổ phần Bán lẻ kỹ thuật số FPT (FPT Retail) cho Vina Capital và Dragon Capital, giảm tỷ lệ sở hữu của Tập đoàn tại FPT Retail xuống còn 55%.[12]

Tháng 9 năm 2017, FPT chuyển nhượng 47% vốn tại Công ty Cổ phần Thương mại FPT (FPT Trading) cho Tập đoàn Synnex (Đài Loan), giảm tỷ lệ sở hữu của Tập đoàn tại FPT Retail xuống còn 48%.[13]

Tháng 7 năm 2018, FPT mua 90% cổ phần của Intellinet Consulting (Intellinet), một trong những công ty tư vấn công nghệ có tốc độ tăng trưởng nhanh nhất tại Mỹ.

Tháng 3 năm 2019, FPT đã bổ nhiệm ông Nguyễn Văn Khoa - Phó Tổng Giám đốc FPT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Hệ thống thông tin FPT - đảm trách vị trí Tổng Giám đốc FPT, thay thế ông Bùi Quang Ngọc hết nhiệm kỳ.[14]